提到生產抗生素和生物工程藥物的微生物廢棄物菌絲體廢棄物的處置要按照廢棄物的處理;生產維生素、氨基酸等發酵藥品產生的菌絲體廢棄物，經認定為有害廢棄物的，應當予以處理。高含水率給菌渣的運輸及后續處理帶來諸多不便。由于其含水率高，微生物污泥干燥是一種常用的微生物污泥減量方法。通過干燥降低了菌渣的含水率，不僅減少了菌渣的體積，還可以制成產品作為生產原料，從而盡可能實現菌渣的“減量化、無害化、資源化”。蘑菇渣干燥后的環保問題一直是企業關注的焦點，尤其是空氣污染問題。

　　細菌渣干燥煙氣具有高溫(80℃~ 105℃)、高濕、高濃度惡臭、煙羽長(數十公里)等***點，是一個十分棘手的問題。主要氣味成分非常復雜，95%的污染群由含塵霧氣溶膠、其他氣態VOCs和無機小(H2S、SO2、SO3、NO2、NH3)組成。對于高溫高濕含塵霧廢氣，我公司采用“WESP濕電暈除塵除霧系統”工藝，可有效去除95%以上的顆粒物。對于VOCs和無機小污染物(H2S和NH3)，我公司采用“FRP基光子催化氧化系統”將***部分有機污染物氧化為CO2和H2O，將無機污染物氧化為S、SO42-和N2。